根据职责，勐海县环境保护局机关设3个内设机构。

        (一)办公室

       负责机关文电、会务、机要、档案、文秘、信息、安全、保密、督查、政务公开、制度建设、安全保卫、值班、公务接待等日常行政事务和后勤保障工作；负责机关和直属单位的机构编制、人事、党群和教育培训工作；起草全县环境保护综合性文件和其他重要文稿；组织协调环境保护综合性调研及重大专题调研：承担环境突发应急事件的协调工作；参与拟订全县经济社会中长期发展规划及年度计划、区域经济发展规划；组织编制全县环境保护综合规划并监督实施；指导全县环境保护专项规划和专项功能区划的编制，审核有关领域总体规划中的环境保护内容；负责全县环境保护基本建设计划，提出全县环境保护固定资产投资规模、方向建议，提出专项资金的安排意见并组织申报；负责上级部门能力建设项目、基本建设项目的组织实施和监督管理，对基本建设项目进行预算审核、项目竣工评审和绩效考核；拟订并监督执行资金管理、财务管理、内部审计等制度；承担各项专项经费的会计核算工作，组织编报预决算，承担国家、省、州的专项经费使用的监督管理和绩效考核；负责局机关财务、固定资产管理；协助有关部门做好环境保护部门领导干部双重管理的具体工作；拟订全县环境保护人才资源开发规划；负责局机关离退休人员的日常管理工作；承担七彩云南·西双版纳保护行动领导小组办公室的具体工作。拟订环境保护规划和年度计划，参与拟订(修订)全县综合性环境保护规范性文件并监督实施；负责机关规范性文件和其他部门拟订文稿中有关环境保护方面内容的合法性审核；组织开展全县环境保护政策调研；组织环境保护执法检查；负责县级环境保护行政处罚、行政复议、行政赔偿和行政应诉工作；牵头调解重大环境污染纠纷；组织全县环境保护政策法规与行政执法培训；拟订并组织实施全县环境保护宣传、教育、培训的规划、计划；组织开展生态文明建设的宣传教育工作；指导绿色创建工作，推动公众和民间保护组织参与环境保护；负责新闻宣传审核及新闻发布工作，协调新闻采访报道工作；指导环境保护社会表彰和国内环境奖项的推荐工作；组织办理人大代表建议、政协委员提案和群众来信、来访工作；负责环境保护领域的国内外合作与交流；组织协调环境保护国际公约在本县的履约工作；负责环境保护国际合作项目的组织实施和监督管理；参与处理涉外的环境保护事件；负责拟订并组织实施环境监测地方性制度和规范；指导各级环境监测站建设，负责监测机构资质审查和质量管理工作；制定并组织实施环境监测发展规划和年度计划，组织开展全县环境监测工作；调查评估全县环境质量状况并进行预测、积警；组织编制和发布环境状况公报，编报全县环境质量报告书，统一发布环境监测信息；负责管理全县环境监测网(点)，协调指导其它部门开展环境监测工作；组织全县污染源监督性监测工作，承担有夫污染物排放总量减排的监测管理；组织开展全县污染源在线监测工怍，组织协调环境突发事件的应急监测工作；承办领导交办的其他工作任务。

        (二)污染治理股

       监督管理水体、大气、土壤、光、恶臭、噪音、固体废物、危险废物、有毒化学品、持久性有机污染物以及机动车尾气等污染防治；监督管理除湖泊、河流以外的水环境治理和保护；监督管理全县城镇具有集中式饮用水功能的饮用水源地环境保护工作；组织编制全县集中式饮用水源地和重点流域污染防治规划、重点城市大气污染防治规划，并监督实施；负责全县重点工业污染源的监督管理，组织实施排污许可证相关政策和制度；组织指导城市环境综合整治和创建环保模范城市工作；牵头负责企业上市和上市企业再融资的环境保护核查工作；负责组织编制县级排
污费项目资金使用计划并监督执行；拟订环境保护地方性标准、技术规范并组织实施；负责全县环境保护科学技术工作，管理环境保护科研项目和科技成果；组织拟订和实施全县环境保护科技政策、规划与计划，组织开展重大科技攻关和重大技术工程示范；负责环境保护技术引进，开展环境保护技术推广示范工作；承担环境保护污染治理设施运营资质管理工作；负责重点企业强制性清洁生产审核和管理工作，参与指导全县清洁生产、循环经济工作；参与制定环保产业发展规划、政策，规范环保产业市场，指导环保产业发展；统一协调管理全县污染物排放总量减排工作；制订并组织实施污染物排放总量年度减排计划；组织实施主要污染物排放总量控制、环境统计相关政策和制度；负责督查、督办、核查及考核各地污染物减排任务完成情况；负责审核涉及增加主要污染物排放总量新上项目的污染物排放总量指标；负责环境统计和污染源普查工作，组织编制并发布环境统计年报和统计报告，负责组织编制省、州污染减排项目资金使用计划并监督执行；承担勐海县污染减排工作领导小组办公室的具体工作。参与拟订环境影响评价、“三同时”管理的地方性政策规定并组织实施；负责对重大经济和技术政策、发展规划及重大经济开发计划进行环境影响评价；组织对县级审批的规划和环境影响评价文件的审查；负责审批县级权限范围内除核与辐射以外建设项目环境影响评价文件、试生产(运行)及项目竣工环境保护验收；负责环境影响评价机构资质条件及工作质量的考核、管理工作；负责县级环境影响评价专家库的管理；负责核安全、辐射环境安全的监督管理；负责放射性同位素与射线装置使用单位的辐射安全管理；负责全县放射性同位素的审查及备案工作；负责对全县放射性废物处理、处置的安全实施监督管理；负责对放射性物品运输的安全实施监督管理；负责审批县级权限范围内核技术应用项目、伴生放射性矿开发利用项目以及输变电设施及线路、信号台站等电磁辐射项目的环境影响评价文件、试生产(运行)及竣工环保验收；负责县内核与辐射安全管理及技术人员的培训及资格管理工作；承办领导交办的其他工作任务。

        (三)自然生态股

       负责指导、协调、监督全县生态保护工作；编制生态保护规划并监督执行；参与拟订农村生态环境保护和农村土壤污染防治政策、规划、标准、规范并监督实施；协调和监督相关部门开展生态保护工作；组织开展全县生态状况评估；协调和监督野生动植物保护、湿地环境保护；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；指导、协调、监督各种类型的自然保护区、风景名胜区、森林公园、国家公园的环境保护工作；负责生物多样性保护、生物物种资源(含生物遗传资源)管理工作；组织协调农村环境保护工作；指导农
村环境综合整治工作；监督和协调有机食品发展工作；负责水库、湖泊和河流等水体的生态环境保护工作，承担勐海县实施生态县创建领导小组办公室的具体工作；承办领导交办的其他工作任务。